SDLBN Manisrejo berdiri pada tanggal 11 Maret 1992 yang di resmikan oleh Kepala Cabang Dinas Pendidikan Kota Madiunyang di jabat oleh Bpk. Drs. Sujud. Jumlah tenaga pendidik yang ada pada saat itu berjumlah 4 orang tenaga pendidik dengan siswa sebanyak 18 siswa.

SDLB Negeri Manisrejo merupakan satu - satunya lembaga PLB (pendidikan luar biasa) negeri yang ada di wilayah Kota Madiun. Awal berdirinya SDLB Negeri Manisrejo kurang lebih selama 2 tahun masih menumpang di SDN Mojorejo I, Jl. Abdurahman saleh No. 1 Kec. Taman Kota Madiun.

Kemudian sejak awal tahun 1994, SDLB Negeri Manisrejo berpindah gedung yang baru beralamatkan di Jl, Tanjung Manis No 50 C Kel Manisrejo Kec. Taman Kota Madiun sampai sekarang, yang [ada waktu itu diresmikan oleh Gubernur Jawa Timur Bpk, Sofi Sudirman.

Pada awaltahun 2019 nomen klatur SDLBN Manisrejo berubah menjadi SLBN Manisrejo sesuai pergub tentang perubahan atas peraturan Gubernur Jawa Timur nomer 43 tahun 2018 tentang nomenklatur, susunan organisasi, uraian tugas dan fungsi serta tata kerja unit pelaksana teknis dinas pendidikan provinsi Jawa Timur. Dengan berjalannya waktu SLBN Manisrejo yang sekarang telah memiliki tenaga pendidik profesional di bidangnya yang berjumlah 16 orang, baik yang berstatus PNS atau GTT. Adapun jumlah siswa sekarang adalah 84 siswa dari kelas 1 sampai kelas 12.

SLBN Manisreji membuka kesempatan lagi bagi para ABK (anak berkebutuhan khusus) untuk sekolah di lembaga tersebut, serta meneruma semua jenis ABK yang mempunyai ketunaan SBB:

1. ABK penyandang Tunanetra (A)
2. ABK penyandang Tunawicara (B)
3. ABK penyandang Tunagrahita Ringan (C)
4. ABK penyandang Tunagrahita Sedang (C1)
5. ABK penyandang Tunadaksa Ringan (D)
6. ABK penyandang Tunadaksa Sedang (D1)
7. Penyandang Autisme

Dengan penanganan para guru yang sudah berpengalaman telah menghasilkan para siswa yang sedang berprestasi di bidang akademik atau dibidang non akademik dalam jenjang SLB, serta memperoleh berbagai penghargaan baik dari lingkungan PLB Kota Madiun atau di tingkat Provinsi.

Bersosialisasi Berprestasi, Terampil dan Mandiri yang di landasi iman dan taqwa

1. Memberi layanan pendidikan secara optimal berdasarkan tingkat kemampuan peserta didik
2. Melatih dan membiasakan peserta didik untuk bersosialisasi di lingkungan sekolah, rumah, dan masyarakat
3. Memberikan bekal keterampilan yang sesuai dengan tingkat kemampuan anak
4. Membiasakan peserta didik agar selalu mandiri dalam setiap menyelesaikan tugas
5. Menumbuhkan, mengimplementasikan pemahaman dan penghayatan terhadap agama yang dianutnya dalam kehidupan nyata